Ο Άλεν Χαλίλοβιτς ακολούθησε τα βήματα του πατέρα του, Σέγιαντ, ο οποίος ήταν ποδοσφαιριστής, με συμμετοχές στην Εθνική Βοσνίας και θητεία σε αρκετές ομάδες, της Βοσνίας, της Κροατίας, του Ισραήλ, της Ισπανίας κ.α..
Παρόλα αυτά, ο Άλεν επέλεξε να αγωνιστεί στην Εθνική Κροατίας και πέρασε απ’ όλα τα μικρά αντιπροσωπευτικά συγκροτήματα της χώρας, μέχρι να φτάσει στην πρώτη, με την οποία έκανε το ντεμπούτο, σε ηλικία μόλις 16 ετών, σε ένα φιλικό κόντρα στην Πορτογαλία, στις 10 Ιουνίου του 2013, μπαίνοντας ως αλλαγή στη θέση του Ιβάν Στρίνιτς. Έτσι, έγινε ο νεότερος σε ηλικία παίκτης που αγωνίστηκε στην Εθνική ανδρών, χωρίς όμως να παίξει με αυτή σε κάποια μεγάλη διοργάνωση.
Τα αδέρφια του Άλεν Χαλίλοβιτς, ο Ντίνα και ο Νταμίρ, που είναι μικρότεροι σε ηλικία έπαιξαν στα τμήματα υποδομής της Μπαρτσελόνα, ενώ ο Ντίνα είναι παίκτης της ολλανδικής Ντεν Μπος.
Ο Χαλίλοβιτς πραγματοποίησε την πρώτη του εμφάνιση με την Ντινάμο Ζάγκρεμπ, σε ηλικία 16 ετών και 101 ημερών, ερχόμενος από τον πάγκο, σε έναν αγώνα κόντρα στη Χάιντουκ Σπλιτ κι έγινε ο μικρότερος σε ηλικία ποδοσφαιριστής, που αγωνίστηκε στην ομάδα της κροατικής πρωτεύουσας. Λίγες μέρες, πέρασε και πάλι ως αλλαγή κόντρα στη Σλάβεν Μπελούπο και σκόραρε στη νίκη με 4-1. Έγινε ο νεότερος ποδοσφαιριστής που χρίζεται σκόρερ, σε ηλικία 16 ετών και 112 ημερών, ρεκόρ που κράτησε μέχρι τον Μάιο του 2021.
