Με απόλυτη προτεραιότητα την υγεία και την ασφάλεια των επιβατών και των εργαζομένων και σε στενή συνεργασία με τις αρχές, έχουν ήδη αλλάξει οι διαδικασίες επιβίβασης, πρόσβασης, αλλά και εξυπηρέτησης στο αεροσκάφος, καθώς και οι διαδικασίες καθαρισμού και απολύμανσης των αεροσκαφών. Η χρήση μάσκας έχει ήδη γίνει υποχρεωτική, τόσο για τους επιβάτες, όσο και για τα πληρώματα της Aegean, ενώ στο εξής θα επιτρέπεται η μεταφορά στην καμπίνα μόνο μιας χειραποσκευής ή ενός προσωπικού αντικειμένου. Επίσης, θα διατηρούνται πλέον τρεις σειρές καθισμάτων κενές για τη δυνατότητα απομόνωσης πιθανού συμπτωματικού επιβάτη.
